Отказали в освобождении от НДС

[Marryash]

Предыстория такая: наша бухгалтерия приняла дела после 2 квартала 2009. С предыдущим бухгалтером связаться возможности не было и нет. Все декларации по НДС с 2006 года сдавались нулевыми. Со 2 квартала 2010 веду я.
В июне 2010 получили письмо из налоговой о несоответствии данных в декларациях по прибыли и НДС за 2009 г. Выяснили, что ранее нулевки подавались на основании освобождения, т.к. выручка за 3 месяца ни разу не достигала 2 млн. Специалист из налоговой, занимающийся нашей организаций, был в то время в отпуске, мы решили пока наклепать заявление о предоставлении освобождения от января 10 г. и вместе с остальными полагавшимися документами отправили в налоговую. Сегодня пришло письмо-в освобождении отказано, я так понимаю, потому что поздно выслали.
Вопрос: что делать? Какие могут быть санкции? Теперь нужно все счета-фактуры переделывать, ранее выставленные? А за 2009 г.?