ООО на УСНО 6% работало как на ОСНО

[Любопыт]

Добрый вечер.Ситуация следующая: ООО на УСНО 6% начало работать с заказчиками как будто это НДСная фирма (бухгалтер сказала ,что ничего противозаконного нет в том что мы будем работать по такой схеме,т.к. мы НДС будем платить как положено),произошло следующее.Фирма держатель основных средств работала 8 месяцев по такой схеме,пока бухгалтер не сказала,что произошла ошибка и входящий НДС с наших расходов к вычету принят не будет,соответственно сумма к уплате получается больше 500 т.р.
Как быть в данной ситуации,посоветуйте пожалуйста.Боюсь,что счёт в любой момент заморозить могут,не очень в этом понимаю.