трудовой договор и з/п

[Арья]

Ситуация такая: в НКО (фонд) взят работник на должность консультанта. Руководство хочет, чтобы он был в штате, а з/п получал по минимуму. До меня был другой бухгалтер и она сделала так: в первый мес. он работал по табелю 4 дня, во 2 мес. 2 дня. И, соответственно, з/п начислена за отработанные дни. Но по трудовому договору он должен работать 40 часов в нед., т.е. получается, что он эти 2 мес. прогуливал.
Как правильно теперь все это оформить и дальше что делать? И нужно ли в таком случае выплачивать аванс?