Декларация НДС при УСН

[Наталья Игоревна]

Здравствуйте!
В 2008 году орг-я работала на УСН (15%), во 2 квартале на выполненные услуги выставила счет-фактуру (заказчики ссылались на договор, в котором была указана сумма с НДС). Вскрылось данное деяние к моменту заполенения декларации УСН. Что-то менять было поздно... (раньше руководство было без бухгалтера). Бухгалтер заполнил декларацию по НДС на сумму налога по выставленной счет-фактуре и уменьшил ее на сумму НДС по полученным счетам-фактурам от своих поставщиков.
Разницу уплатили в бюджет. Теперь нас проверяет камералка - данный факт всплыл. И нас мучают зачем мы это сделали, ведь При УСН НДС не платят. БУхгалтер сказала, что поступила так, только потому что счет-фактуру они все-таки выставили (на что не имели право). Подскажите как быть? За это сильно наказывают? Хотели как лучше, а получилось...