Платила компания А, документы на компанию Б

[Entry]

Если хотели, чтобы были документы на А, а доставка Б, тогда надо было в письме писать, что адрес доставки Б, а покупатель и плательщик остается А.
Тогда А продает товар Б с доставкой сразу по адресу Б сразу от поставщика. Т.е товар не заезжает на склад А, сразу едет на склад Б.
Поговорите с поставщиком, если он пойдет на встречу и переделает документы и сдаст уточнение по НДС в части контрагентов, по сумме ничего не поменяется у него, тогда так и оформите.