АНО заключает ГПХ. Деньги гранта (не наши). Как плитить налоги?

[Entry]

По схеме все верно.
На счет источника средств, это уже по смете т.е если закладывали все расходы по ГПХ, а это всегда и доход и взносы, то вся сумма за счет гранта. Если нет, то только вознаграждение из гранта и взносы из средств АНО.
Когда оплата труда идет по гранту - там же вся сумма и доход сотрудников в т.ч НДФЛ и взносы.