Отражение реализации произведенного и покупного товара

[Entry]

KonstantinMS, здравствуйте!
По поводку деления. Выручка, как правило, в БУ и НУ равна. У вас не будет разницы.
Просто долю для НУ и для Минсельхоза вы определяете по-разному.
Для этого можно использовать Номенклатурные группы, если учет в 1С - Собственная продукция и Товары.
По ПБУ 9/99 все верно. И там 90й это доходы, а 91й прочие доходы и в ПБУ перечислено, что относится к прочим доходам. Это не ваш случай.
У вас все 90й счет.