Я уже написала, как я думаю.
Сначала убираю из расчетного периода исключаемые дни (отпускные, больничные, командировки, отпуска без содержания), и выплаты за эти дни и только потом делаем расчет с учетом повышения зарплаты.
Не знаю, что имел ввиду эксперт, возможно, вы что-либо не поняли, вывод можно сделать, если скинете ссылку на его консультацию.