Предоплата по счет-фактуре на аванс засчитывается не к той отгрузке!

[Аланда]

Иная, вы учет ведете по разным договорам или один на всех-Основной?
Если учет по разным договорам=счетам,тогда проверяйте ,по какому счету была проведена предоплата и по какому отгрузка,они должны совпадать.Если веэде указан только один договор,тогда предоплата будет закрываться первой же отгрузкой.

Сообщение от Иная

с 11 числа стали поступать оплаты по более ранней заявке, отгруженной 6 числа.

Эти оплаты никак не могут быть предоплатой,потому что отгрузка уже произведена и ,соответственно ,в выписке будет счет 62.1.
Перепровести документы в хронологическом порядке лучше всего в групповом режиме:Сервис-обработка документов -задать нужный период и нужные документы (выписки и отгрузки).Но сначала нужно проверить,правильно ли поставлены субсчета и договоры в выписке .ИМХО