НДС. Частичное погашение аванса

[Люсия-начинающая]

У нас строительная организация. Заключен договор с заказчиком, в нем прописан аванс и что погашается он частично пропорционально выполненным работам. Я получаю аванс, плачу НДС, потом идет 1-я КС, 2 и т.д. с них частично списывается аванс, а какую сумму аванса мне брать в зачет? Машина (1С) берет сумму всего акта, но тогда на 62.2 у меня висит меньше сумма аванса, чем должна быть. Помогите, плиз, разобраться.