Сирина, похожая проблема и у меня была. Только суммы были не такие космические

и уведомление от налоговой получила вовремя.
Сдала уточненку "к уплате", написала огромное пояснительное письмо - расписала каждую операцию, каждый показатель. Спросила у налоговички потом - камералку по ошибочной декларации где сумма НДС была "к возмещению" действительно приостановили получив мою уточненку. Может Вам к инспектору сходить и ситуацию свою объяснить?
А на прошлого буха я бы на месте директора подала заявление в суд. Правда от объяснений с налоговой Вас это не освободит.