Kirilliza, У меня была такая же ситуация.

Сдала уточненку по НДС, а недоимка была погашена позже зачетом, но
до момента окончания камеральной проверки. Это важно. После выставления требования об уплате штрафа у Вас есть 1 мес на оспаривание (раньше было 10 дней). Я написала апелляционную жалобу в вышестоящую ИФНС (в УФНС РФ). Подается она в свою налоговую в 2 экз. Слова народные, цеплялась за упоминания о редакции НК, утратившую силу и привела кучу арбитражных практик. Самое главное, есть довольно свежее
Постановление Пленума ВАС от 30.07.13 № 57 "О некоторых вопросах, возникающих при применении арбитражными судами части 1 НК РФ" в котором разъясняется, что
бездействие налогоплательщика, которое выразилось исключительно в неперечислении в бюджет указанной в декларации или налоговом уведомлении суммы налога, не образует состава правонарушения, установленного ст. 122 НК РФ. В таком случае с налогоплательщика взыскиваются пени.
В ответ ИФНС скостило сумму штрафа на 50%. Можно дальше качать права и идти в суд, но это будет лучший способ нарваться на выездную проверку))) Мое руководство сочло более разумным штраф заплатить))).
Если будете подавать апелляцию, кину в личку текст со ссылками на судебную практику, чтоб не мучиться