Может ли ИФНС счесть зависимостью / аффилированностью?

[Absent]

Очень боятся, в свете последних событий, проводить платежи с ООО на ИП, чтобы их не заподозрили в уклонении

а они собираются уклоняться или завышать/занижать стоимость работ?
По взаимозависимости - сами по себе сделки между взаимозависимыми лицами не запрещены, и существует суммовое выражение взаимозависимых сделок, когда они становятся интересны, не думаю, что у вас такой случай.

Бояться или нет?

если всего бояться, лучше бизнесом в этой стране вообще не заниматься, претензии могут возникнуть на любом ровном месте.