НДС как быть?

[MarinaAnna]

Сообщение от Elp

ставим не все суммы исходящего налога, чтобы не подавать на возмещение, в итоге налог к уплате был ноль.

Вы исходящий должны были поставить правильно, НДС должен соответствовать выручке и сходиться с декларацией по прибыли, т.е. выручка там и выручка в декл по НДС должна быть одинаковой, а вот приходный НДС могли не весь к возмещению поставить, для того, чтобы на камералку не вызывали, а в вычет его поставить в следующий период.
Поэтому налоговая и просит вас доплатить налог, так как видимо ваша выручка по НДС и по прибыли имеет расхождение.