Регистрация счета-фактуры на аванс частично

[NinaC]

Ситуация такая. Получив к примеру аванс в 1 квартале, оплачиваю НДС с аванса полностью. Во втором квартале к договору сделали доп.соглашение, его разбили на 2 этапа с условием зачета аванса пропорционально суммам этапа. При сдаче 1 этапа во 2 квартале я зачту только часть аванса пропорционально сумме этапа. А как зарегистрировать счет-фактуру по авансу в книге покупок при частичной реализации? Получается в книге я должна написать сумму рассчитанную пропорционально реализации, а в самом счете-фактуре другая большая сумма. И что делать в 3 квартале, когда работа закончится, снова в книге покупок регистрировать тот же самый счет-фактуру на аванс на оставшуюся сумму, не соответствующую тому что написано в счете-фактуре? То есть меня интересует вопрос не рассчета, а оформления, как все это записать в книге покупок, чтобы без ошибок.