с 29 октября сотрудник ушел в трудовой отпуск, а 26 октября вечером попал в больницу!

[ILD17]

Трудовой кодекс Российской Федерации от 30 декабря 2001 г. N 197-ФЗ (ТК РФ) (с изменениями и дополнениями)
Часть третья (ст.ст. 56 - 250)
Раздел V. Время отдыха (ст.ст. 106 - 128)
Глава 19. Отпуска (ст.ст. 114 - 128)
Статья 124. Продление или перенесение ежегодного оплачиваемого отпуска
Ежегодный оплачиваемый отпуск должен быть продлен или перенесен на другой срок, определяемый работодателем с учетом пожеланий работника, в случаях:
временной нетрудоспособности работника;

В вашем случаи у вас два варианта:
1. продлить отпуск на дни временной нетрудоспособности - в данном случаи не требуется возврат и перерасчет отпускных выплат.
2. перенести отпуск на другой период - выплаченные отпускные сотрудник должен вернуть деньгами в кассу (удерживать их из зарплаты нельзя). Если сотрудник откажется их возвращать, то вы имеете право подать на него в суд. Как правило в данном случаи возврат осуществляют в очередной день выплаты заработной платы, то есть выдают и "отбирают" зарплату за отработанное время. При фактическом выходе в отпуск в другом периоде, расчет отпускных производится заново.

Как появиться больничный, поможем его начислить.