уйти от бумажной бухгалтерии

[ЮлТэ]

Если бух-рия "от руки" - это еще не значит что

все ужасно запущено

возможно Вы прочитать не можете
Во-вторых

у предприятия долгов куча и по зп и в фсс и в налоговую

не от бухов зависят

касса по журналу и кассир не хочет с ним расставаться. Помогите с чего начать все это разгребать?

Установить прогу и научить кассира.
Взять главную книгу (от руки которая) и на её основании внести остатки по счетам в прогу.