Как правильно оформить первичку в моем случае?

[Бухгалтерия на 5+]

Это правильно, грузополучатель по договору. На счет ТОРГ-12 утвердительно не скажу, но по логике грузополучатель и подписывает. Вообще это больная тема, такие документы очень часто летают туда-сюда. Часто такие сюрпризы с филиалами происходят. Если так, то надо письма заготовить для контрагентов с просьбой оформления первички по конкретным требованиям.