ИП ОСНО работал как на УСН

[Квайгон]

Сообщение от Logger

1. можно ли каким-то образом избежать оплаты НДС (в 16 году сумма за первый квартал выросла почти до 100 тыс, поэтому будет ощутимо по сравнению с УСН 6%);

Нет, нельзя.

Сообщение от Logger

2. Есть ли какая-то практика применения наказаний к такого рода "раззявам" со стороны налоговой;

Есть, заплати налоги по ОСНО, а далее можешь переходить на УСН.

Сообщение от Logger

3. Все мои счета выставлены без выделения НДС, незначительная часть выставленных мне счетов тоже выставлена без выделения НДС - что с этим можно сделать и как доплатить НДС?

Применение расчетной ставки 18/118 строго регламентировано п. 4 ст. 164 Налогового кодекса и вашем случае невозможно. Значит берете полученную выручку Х и умножаете её на 18%. Это сумма НДС к уплате.
Документом, служащим основанием для принятия сумм НДС к вычету, является счёт-фактура. Без счёта-фактуры вы уменьшить НДС не можете, независимо от того, как вам выставлены счета.