Давний спор про УСН и выставление сч-ф с НДС имеет решение.

[Аланда]

Елена*,не думаю,что вам нужно выставлять счет-фактуру на полученный аванс,выставляйте только по реализации.Выставление счетов-фактур организацией,находящейся на УСН ,скорее,исключение,нежели прямое следование НК,где предусмотрено формирование счетов-фактур на полученный аванс.Для устранения двойного налогообложения при ОСНО,когда формируются книги продаж и покупок ,счф с аванса после отгрузки и формирования счф по отгрузке включается в книгу покупок.УСНщик не обязан вести эти книги,он обязан начислить НДС к уплате в бюджет в декларации и уплатить его в бюджет,поэтому ,считаю,что НДС с аванса не нужно начислять,чтобы в декларации не было сумм к вычету.Но это мое личное мнение.