Надо ли устанавливать дату актуальности учета?

[Ян@]

Ну с исправлением времени в доках дата актуальности не поможет, вам то она точно не нужна.
Как выход (некоторым клиентам делали такое) в обработке по загрузке из клиент-банка изменяли принудительно время документов Поступление на расчетный счет и Списание с расчетного счета ... чтобы они всегда были в конце дня, тогда лишних авансов не возникает (стандартно всегда в начало дня записывается).
Поскольку у вас базовая конфигурация, то с обработкой такой вариант может прокатить ... но нужен программист.