налоговый агент вправе предоставить налоговый вычет с начала года
право - не обязанность.
добавление сведений в карточку сотрудника не затрагивает прошлый период
перерасчет происходит в текущем
ну, если у Вас всё так сложно (хуже сложно и придумать), то Вам незачем "париться". Делайте что говорят. Будет примерно так: http://youtu.be/2wxL3DYen5g
А что-то там правит путь тот - кто на это уполномочен. Ну, известите головную о косяке... Говорю же, возможно они всё уже сделали как надо и косяк ваш пропадет после начисления з/п, когда программа НДФЛ сравняет.
А вобще, Вы молодец, что пытаетесь разобраться. Будьте уверены - пригодится, и не только для опыта, но и в случае вопросов или претензий к Вам - будете знать что ответить.
__________________ А спонсор моих ответов — сарказм. Сарказм — я уже и сам не понимаю, когда шучу, а когда говорю серьезно.