Генподрядчик на УСН 15%, субподрядчик на ОСНО

[АннаС]

Добрый день, подскажите пожалуйста, что можно сделать в следующей ситуации.
Сама никогда не сталкивалась со строительством, поэтому не знаю как быть (знакомые попросили помощи выступают в лице генподрядчика). В общем ситуация такая, заказчик на ОСНО- генподрядчик УСН 15%- субподрядчик на ОСНО, в декабре 2015г. подрядчик выполняет работы по договору субподряда и выставляет документы субчику с НДС, ндс в бюджет не уплатил. После выполнения работ субчик выплатил генподрядные 4% от суммы договора подряда без ндс.
Ситуация для меня запутанная и я не могу понять как поступить подрядчику, понятно, что нужно заплатить ндс, т.к выставили его, а как быть дальше?
И вообще как правильно в дальнейшем оформлять все документы.
Заранее спасибо.