Налоговая требует пояснений

[vesta]

Коллеги, налоговая на основании проверки выписок банка требует начислить НДС и налог на прибыль за 2013-2014 годы и предоставить декларации по данным налогам, а также пояснения по факту их неуплаты.

Ситуация же следующем. ООО, вмененка, вид деятельности - оказание услуг перевозки грузов. А при проверки выписок налоговая обнаружила платежи с назначением платежа "транспортно-экспедиционные услуги", т.е. вид деятельности под вмененку не попадает. Почти все - это изощрения наших клиентов, в договорах и актах ясно указано, что это именно перевозка грузов, а не что-либо еще. Но среди договоров оказался один именно "договор транспортно-экспедиционных услуг", по сути оказаны были услуги перевозки, но клиент просил, и директор пошел ему на встречу, так что по документам все не радужно, а сумма весьма приличная.

В общем, просьба поделиться опытом и мнением как в данной ситуации лучше поступить именно по этому договору (с остальными-то понятно пояснения, что ошибка контрагента в указании платежа плюс копии договоров и актов). Стоит ли признавать свою вину, подавать декларации и оплачивать налоги?

Может ли налоговая самостоятельно доначислить налоги, если требование в этой части мы просто проигнорируем (в требовании указана просто сумма выручи по услугам ТЭ, без указания конкретных контрагентов)? Должна ли для этого проводиться выездная проверка?

И еще вопрос, если мы будем подавать декларации по НДС, то можно ли их сдать в бумажном, а не электронном варианте.