не начислялась з/п гендиру

[Сливки]

Я бы издала 2 приказа (22.03-31.03 и 1.04-15.04), что в связи с отсутствием деятельности считать директора в отпуске без сохранения заработной платы. С 16-го начислить з/плату за полмесяца пропорционально отработанным дням (4000 руб.:21 дн.*11дн.=2095 руб. 24 коп.). Начисляете за апрель налоги (14% в накопит. и страх. ПФ, % по травматизму (см. по основной деятельности) и 13% НДФЛ) и срочно перечисляете. Пусть будет задержка и небольшие пени, это не так страшно. Отчеты сдавать все равно только за полгода в июле. Хуже, если придут с проверкой и доначислят вам сами.
Если вы сейчас выплатите аванс с задержкой, то никто придираться не будет. Тем более, если вам разрешено расходовать выручку на выплату з/платы,можно переделать и провести по кассе задним числом. С авансов налоги не платятся. А за май вы вполне успеваете начислить зарплату и перечислить налоги.