НДС при ОСНО

[Lena D]

Добрый день! Помогите кто может, я новичок в профессии бухгалтер. А дело вот в чем предыдущий бухгалтер почти не вела отчётность, большая часть документов потеряна, но это я востановлю, не могу разобраться вот с чем. Мы строительная организация (занимаемся ремонтов полов: находимся на ОСНО с НДС. выполняли в 2007г. работы заказчику находящемся на УСНО без НДС. Сейчас картина такая мы им выставляли счета-фактуры и с НДС и без НДС видимо на ее усмотрение, а они оплачивали согласно выставленных ею счетов, сейчас получается у нас огромная сумма недоплаты по НДС. Скоро проверка как быть? Или я что-то не понимаю и может она правильно все делала? Объясните кто-нибудь. Может мы имеем право выставлять счета-фактуры с НДС заказчикам работающим без НДС, на те материалы которые мы купили с НДС, а на работы (оплату труда) выставлять счета-фактуры без НДС, но получается мы ведь обязаны были заплатить на всю сумму НДС, а не выборочно. Ведь так? ПОМОГИТЕ пожалуйста!!!