Возражение на акт камеральной проверки.

[Тоторо]

Добрый день, уважаемые бухгалтера. Очень нужен совет по поводу камеральной проверки.
Ситуация такая.
в 2011 году ООО открывает обособленной подразделение(усн) в другой области(липецк). Все это время бухгалтер подразделения платит налог усн по месту нахождения подразделения. В начале 2013 года налоговая обнаружила эту ошибку и потребовала от головного предприятия предоставить уточненную декларацию и уплатить сумму налога по месту нахождения головного предприятия(тамбов). Далее, пишем письмо в налоговую липецка об ошибочно уплаченной сумме налога, просим перевести деньги в налоговую по г. тамбова. Деньги переводят. Бух головного предоставляет уточненку 23,07,2013 . Через пару недель узнаем, что все еще должны. оказывает налоговая г. Липецка перевела деньги, но с липецким окато. 8,08,2013 бух подает заявление на зачет сумм с одного окато на другой. Но уже получается, что заплатили мы позже , чем подали декларацию. И теперь налоговая требует за это штраф в размере 20% от неуплаченной суммы налога за неправомерное бездействие. А это немаленькая сумма.
Посоветуйте. имеет ли смысл подавать возражение. мы ведь не знали на какой окато вернули деньги. Как правильно его составить?