База по НДС и по прибыли, в чем разница и должны ли они сходится по декларациям.

[Entry]

По прибыли и по НДС у вас база определяется по методу начисления т.е те услуги, что вы оказали - это ваша выручка, расходы, которые вы потребили - это ваши расходы. Оплата не учитывается.
Список доходов и расходов в НУ смотрите в НК РФ - глава 25 н/прибыль.
А по НДС - глава 21 НК РФ.
Если у вас и облагаемые НДС услуги и не облагаемые, то ведете раздельный учет НДС.