Как учитывать НДС

[Лена64]

Учреждение науки. Дело в том что я работала в бюджете, но без предпринимательской деятельности.
С арендой я вроде разобралась, т.к согласно смете данные средства учитываются как дополнительное финансирование. Следовательно НДС поступающий на наш счет 100% перечисляется в налоговую. Услуги и поступившие нефинансовые активы оприходываются с НДС (без выделения, как в бюджете). Вроде так.
Гранты и РФФИ - являются целевыми средствами и следовательно учитываются без НДС.
Проблема стоит в учете договоров на совместное содержание нежилых помещений (на временное пользование автоместо в гараже, счета выписываются с НДС), договоров на выполненые работы и гос. гонтракты.
На совместное содержание нежилых помещений счета выписываются с НДС. Могу ли я брать в зачет НДС при оплате, например охраны гаража. и в какой пропорции, полностью или нет? Если с данных сумм идет оплата за автозапчасти, я также могу брать НДС к вычету?
Если с сумм хоз договоров идет оплата за коммунальные услуги административного корпуса. НДС в зачет можно взять?
И т.д.