Погашение задолженности квартирой

[Gazizov]

Сообщение от $G$

фирма Б с нами рассчитывается путем реализации нам квартир в строящемся жилом доме

Тут скорее всего не реализация квартир, а оплата имуществом (имущественными правами, если передаются права участника долевого строительства), выполненных вами работ.

Сообщение от $G$

нужно ли приходывать эту квартиру как товар на 41 сч

Приходуйте на 41 счет, т.к. предполагается дальнейшая продажа.

Сообщение от $G$

и как быть с НДС, если я ее реализую физику

Фирма Б является участником долевого строительства? В оплату выполненных работ будут передаваться права участника долевого строительства или же построенные квартиры?
Если передача прав, то передающая сторона начисляет НДС с разницы между стоимостью передаваемых прав и расходами на приоретение этого права по расчетной ставке. Предъявленный НДС вы должны учесть в стоимости квартир, так как операции по реализации жилых помещений не подлежат налогообложению. В дальнейшем при реализации квартир физику НДС не начисляете.

Сообщение от $G$

реализуем эти квартиры физическим лицам по меньшей стоимости за 1 кв.м.

Если стоимость квартиры будет отклоняться на 20% от рыночных цен на аналогичное имущество, в сравнимых обстоятельствах, то могут быть притензии от налог-ов в отношении правильности определения цены сделки.