Уплата НДС за 4кв.2014г.

[мастеринж]

Добрый день! Помогите, пожалуйста, разобраться в вопросе:
1. Если наша организация выставила акт и счет-фактуру за выполненные работы от 30.09.2014, а заплатили нам в 10 месяце, то учитывается ли ндс от этой суммы при уплате ндс в 4 кв.?

2. В нашей организации почему-то НЕ принято выставлять счета-фактуры за авансы, а потом этот аванс закрываем пропорционально этапам работ. То есть, к примеру, стоимость наших работ по договору 10. работа осуществляется в два этапа со стоимостью 7 и 3. Но мы берем аванс, в размере 50%. Вот нам перечисляют аванс 5(счет-фактуру мы не выставляем), а когда закрываем этапы, то 5 разбиваем пропорционально: то есть в этапе, который стоит 7 учитываем ранее выплаченный аванс 50 % от этапа = 3,5(аванс) +3,5(оставшаяся стоимость этапа)=7(полная сумма этапа). Следовательно, счет-фактуру выдаем с закрытием этого этапа на сумму 7. Так вот, как правильно учитывать ндс в этом случае? только по наличию выданной нами счет-фактуры или же учитывать ндс от фактически перечисленных нам средств?

Спасибо.

ПэСэ. Я не бухгалтер, но в силу того, что занимаюсь сбором первичной документации, хочу разобраться в данном вопросе, что бы приблизительно отслеживать сумму для уплаты ндс.
И да, наш бухгалтер удаленный и особо не стремится объяснять