Покупатели утверждают, что мы им должны

[Entry]

Можно сформировать свой акт сверки и выслать его с вашими данными.
Также распечатать накладные/сч.ф из программы, поставить подпись и печать. Написать на них - дубликат.
Все это описать в письме, а также указать, что копии предоставить не представляется возможным т.к оригиналы сданы в архив.
В НУ принять данные поставки Покупатель не сможет т.к 3 года прошло, а в БУ отразить вполне можно и по данным сверки и дубликатам. Это также указать в письме.
Единственный момент, подтверждением того, что вы действительно отгрузили товар Контрагенту и закрыли обязательства, является накладная с подписью и печатью Покупателя. Поэтому они могут настаивать на том, что не получали ничего, пока вы не докажете обратного с помощью этих самых накладных.
Иногда в договоре пишут, какие документы Поставщик предоставляет и про копии и дубликаты, там обычно ничего нет. Можно и на это сослаться в письме, если нужно аргументов, как можно больше.