Ничего страшного в Вашей ситуации нет. Идете в налоговую, заказываете Перечень переданной отчетности за 2008-2009 гг., заодно Справку по ф39, чтобы убедиться в отсутствии задолженностей перед ИФНС. Всё это можно заказать у фирм, занимающихся передачей отчетности по ТКС. В ФСС, ПФ и Госкомстат можно сходить с доверенностью от организации и спокойно спросить: "А ничего мы там вам не задолжали?" Кстати, если деятельность в 2008 году не велась, и у Вас ОСНО, вы можете сдать единую (упрощенную) декларацию.
У меня такое было несколько месяцев назад с одними клиентами, они не сдавали отчетность 5 лет, так еще и все документы и свидетельства "куда-то дели"

А вот по поводу штрафов в налоговую... с меня 100 рубчиков взяли за каждую просроченную декларацию