Эх, опоздал я с ответом...
У меня было еще хуже - сотрудник заболел во время отпуска и прямо из отпуска вышел на работу.
Варианта два:
1) Пересчитать начисления отпуск.
Открываете новый документ "Начисление отпуска..." в правом верхнем углу "Перерасчет документа", выбираете тот документ, который хотите пересчитать.
Заполняете новый документ правильно - рассчитывете - если все вено, должны будут появиться стронировочные записи.
2) Пересчитывайте документом "Полный перерасчет" - этот вариант более правильный, втом случае, если кадровый и бухгалтерский учет ведется разными специалистами.
Тут очень важно правильно заполнить кадровые документы.
В этом случае, программа сама должна пересчитать начисления в документе "полный перерасчет" и сделать сторно.
В Вашем случае стоит использовать первый вариант.
При этом, расчетным перодом можете указать расчетный месяц, а не тот, в который попал расчет отпускных.
Сторинрование, обычно, проводится программой очень грамотно, во всяком случае у меня траблов не было.