должен ли наш заказчик платить ндс по нашему счету?

[kalina]

Сообщение от vertepa

что теперь НДС с суммы счета надо будет платить ему.

Заказчик будет платить со всего объема выполненных работ НДС. В частности и в вашего тоже. А возмещать ему не с чего.
Конечно, если бы у нас была более цивилизованная экономика, то работы, услуги, товары упрощенцев должны были бы быть значительно дешевле.