Непонятно в чем проявляется это поведение ... Какие субсчета учета доходов и расходов там стоят (для ЕНВД)?
Стоят счета для усн, при проведении он делает движения по регистрам усн(отражает доход), а в идеале он должен сторнировать расходы на закупку товаров по УСН.