Помогите разобраться.

[Аланда]

Сообщение от Pyc

вчера счёт-фактуру на всю сумму они уничтожили

Если я правильно поняла ситуацию,на данный момент у вас проведен аванс от покупателя на бОльшую сумму ,чем отгрузка ( вы ее скорректировали,правильно?).
Значит,у вас должно быть два счета-фактуры,один авансовый на полную сумму оплаты и второй-на сумму отгрузки.Оба счета-фактуры вы отдаете покупателю и у себя в учете включаете в книгу продаж по датам поступления оплаты и отгрузки.Одновременно счет-фактура на аванс ,но на сумму отгрузки ,должен быть включен в книгу покупок,чтобы не было двойного налогообложения.
Итого в книге продаж будет счет-фактура на аванс-полная сумма,счет-фактура по отгрузке-на сумму отгрузки,в книге покупок счет-фактура на сумму отгрузки.
В следующем квартале,когда будет сделан возврат оставшейся суммы,НДС с этой суммы тоже войдет в книгу покупок к вычету,потому что вы уже заплатили НДС с этой суммы во втором квартале по авансовому счету-фактуре.

Сообщение от Pyc

какие документы я смогу предоставить в налоговую в 3-ем квартале показывая возврат?

Не очень поняла,что имеется в виду.Есть платежное поручение на возврат суммы,с которой уже был уплачен ндс во 2 квартале,и теперь эта сумма НДС восстанавливается в книге покупок.