mazzzay,
я такие случаи проводила отдельными документами (хорошо, что пособие по уходу за ребенком полностью за счет ФСС, не приходится убирать дни за счет работодателя, да и средний заработок в течение 2011 г. одинаков).
Вручную надо стаж исправить на дату начала нетрудоспособности и в документе "Начисление страховых взносов" на вкладке "Пособия по соц. страхованию" убрать галочку с первичного страхового случая (это для корректного заполнения 4-ФСС).
Думаю, можно и в документе "Начисление по больничному листу" вручную процент оплаты и сумму подправить...
А программного решения проблемы пока не знаю

Кстати, похожая ситуация и с долечиванием в санаторно-курортном учреждении, в продолжении поправить причину нетрудоспособности нельзя :(