Подрядчик и субподрядчик, как отразить в реализации.

[Надежда Денисова]

Дело в том,что в договоре Ген.подряда Заказчиком уже определен Субподрядчик и оплата ему будет осуществляться непосредственно самим Заказчиком.
Получается у нас две сметы: 1-я на выполнение основных работ Ген.подрядчиком (с НДС);
2-я - по работам Субподрядчика. (Без НДС)
К этим двум сметам идет 3 акта (КС-2).
1-ые два относятся к работам Ген.Подряда (по ним вопросов нет).
а вот 3-й акт по работам Субчика, но в нем еще идет плюсом 5% от этих работ нам, Ген.подрядчику. Там отдельной строкой прописано,что по Ген.подряду только 5% от всей суммы.
Так как мне быть?
Занести в программу реализацией только сумму которая относится к Ген.подряду, сторно то наверное нельзя сделать на сумму Субподряда?
И еще вопрос счет-фактуру выставить одну общую или каждой КС-2 свою?

Большое Вам спасибо за помощь!