Невозмещенный НДС с истекшим сроком исковой давности

[Светлана Сергеевна]

Добрый день! Очень нужна консультация опытных бухгалтеров! Когда мы только начали деятельность у нас по документам выходил НДС к возмещению, но я как и многие просто поставила сумму к уплате, чтоб с проверкой не связываться. На четвертом году существования нашей фирмы случилась ВНП... И конечно сейчас всплыл невозмещенный во 2 кв. 2011 НДС, в следующем периоде наоборот выходит недоимка, пени и штраф. Сумма порядка 250 тыс. Получается сейчас уже уточняться по 2-2011 и просить чтоб переплату зачли в счет недоимки поздно? Только через суд? Ведь камералка за тот период нарушений не нашла. Подскажите пожалуйста как теперь можно вырулить эту ситуацию?